Class BlastClustReader

  • All Implemented Interfaces:
    java.io.Serializable

    public class BlastClustReader
    extends java.lang.Object
    implements java.io.Serializable
    See Also:
    Serialized Form
    • Constructor Summary

      Constructors 
      Constructor Description
      BlastClustReader​(int sequenceIdentity)  
    • Method Summary

      All Methods Instance Methods Concrete Methods 
      Modifier and Type Method Description
      java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getChainIdsInEntry​(java.lang.String pdbId)  
      java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getPdbChainIdClusters()  
      java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getPdbChainIdClusters​(java.lang.String pdbId)  
      java.lang.String getRepresentativeChain​(java.lang.String pdbId, java.lang.String chainId)  
      java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.String> getRepresentatives​(java.lang.String pdbId)  
      int indexOf​(java.lang.String pdbId, java.lang.String chainId)  
      • Methods inherited from class java.lang.Object

        clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
    • Constructor Detail

      • BlastClustReader

        public BlastClustReader​(int sequenceIdentity)
    • Method Detail

      • getPdbChainIdClusters

        public java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getPdbChainIdClusters()
      • getRepresentatives

        public java.util.Map<java.lang.String,​java.lang.String> getRepresentatives​(java.lang.String pdbId)
      • getRepresentativeChain

        public java.lang.String getRepresentativeChain​(java.lang.String pdbId,
                                                       java.lang.String chainId)
      • indexOf

        public int indexOf​(java.lang.String pdbId,
                           java.lang.String chainId)
      • getPdbChainIdClusters

        public java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getPdbChainIdClusters​(java.lang.String pdbId)
      • getChainIdsInEntry

        public java.util.List<java.util.List<java.lang.String>> getChainIdsInEntry​(java.lang.String pdbId)